女性泌尿系感染常用的药物有抗生素类，一般通过口服抗生素来治疗，通常3~7天为一个疗程。
常用药物种类
喹诺酮类药物：诺氟沙星是常见的喹诺酮类药物，对泌尿系感染常见的大肠杆菌等有较好的抗菌作用。不过18岁以下青少年禁用，因为可能影响骨骼发育。头孢类抗生素：头孢呋辛也是治疗女性泌尿系感染的常用药，它对多种细菌有抑制作用。对头孢类药物过敏的女性不能使用。
不同病情适用药物
单纯性下尿路感染：一般可以选用呋喃妥因，它在尿液中浓度高，能有效作用于泌尿系统的细菌。但肾功能不全者要谨慎使用。复杂性尿路感染：可能需要根据细菌培养及药敏结果选择药物，比如如果是变形杆菌感染，可能会用到氨苄西林，不过要注意对青霉素过敏者禁用。
特殊人群用药注意
妊娠期女性：喹诺酮类和四环素类药物妊娠期禁用，可选择相对安全的头孢类抗生素，如头孢克肟，但需在医生严格评估下使用。哺乳期女性：某些药物可能会通过乳汁影响婴儿，比如氟喹诺酮类，哺乳期女性用药时要暂停哺乳，选择合适的替代药物。