胎儿停育的原因较为复杂，据统计，大约50% - 60%的早期胚胎停育是由于染色体异常导致的。
染色体因素：
染色体数目异常： 常见的有三体、单体等情况。比如21 - 三体综合征，胎儿染色体多了一条21号染色体，这种染色体数目异常会严重影响胚胎的正常发育，导致胎儿停育。染色体结构异常： 像染色体缺失、易位等。染色体结构的改变会打乱基因的正常排列和功能，使得胚胎无法正常生长发育，从而引发胎儿停育。
母体因素：
内分泌失调：
黄体功能不全： 女性体内的黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，就不能为胚胎着床和发育提供良好的子宫内环境，容易导致胎儿停育。一般来说，黄体期不足10天就可能存在黄体功能不全的情况。甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的甲状腺素对胎儿的生长发育有重要作用。甲状腺功能减退时，甲状腺素分泌不足，会影响胎儿的神经系统和骨骼系统发育，增加胎儿停育的风险；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺素水平也会干扰胚胎的正常发育，导致胎儿停育。
子宫异常：
子宫畸形： 如单角子宫、双角子宫等。子宫的形态异常会影响胚胎的着床和生长空间，使得胚胎难以正常发育，进而引发胎儿停育。子宫肌瘤： 较大的子宫肌瘤会改变子宫的内部环境，影响胎盘的血液供应，阻碍胎儿的营养获取，增加胎儿停育的可能性。尤其是黏膜下子宫肌瘤，对胎儿的影响更为明显。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体自身产生的一些抗体可能会攻击胚胎，比如抗磷脂抗体综合征患者，体内的抗磷脂抗体会导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液循环，使胎儿得不到充足的营养和氧气供应，最终导致胎儿停育。同种免疫异常： 母体对胎儿的免疫耐受不足，母体的免疫系统将胎儿视为“异物”进行攻击，从而引发胎儿停育。这种情况在反复发生胎儿停育的患者中较为常见。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇长期接触一些有害的化学物质，如苯、甲醛等。这些化学物质可能会通过胎盘影响胎儿的发育，导致胎儿染色体损伤，引发胎儿停育。例如，在一些化工环境中工作的孕妇，胎儿停育的风险会明显增加。辐射暴露： 过量的辐射照射，如孕妇接受过X线检查等。辐射会破坏胎儿的细胞结构和基因，干扰胎儿的正常发育过程，增加胎儿停育的几率。一般来说，孕妇接受超过一定剂量的辐射就可能对胎儿产生不良影响。