怀孕两周打掉孩子的最佳方法是药物流产。怀孕时间是从末次月经第一天开始计算的，怀孕两周是指末次月经后两周，停经时间较短，适合做药物流产。
药物流产是指用米非司酮片加米索前列醇药物口服终止早期妊娠。与人工流产手术相比，药物流产不需要手术，通过药物作用阻止孕囊在子宫内的着床，从而达到终止妊娠的目的。其优点是创伤小、操作简单、不需要宫腔操作，适用于停经49天内的宫内妊娠。但药物流产也有一定的风险，如药流不全、药流失败、出血时间长等，还可能会导致月经失调、宫腔粘连等并发症。因此，在进行药物流产前，需要进行全面的身体检查和评估，包括B超检查、血常规、凝血功能等，以确保药流的安全性。
此外，无论选择哪种方式终止妊娠，都需要在医生的指导下进行。在进行药流或人流手术后，需要注意休息，加强营养，保持会阴部清洁卫生，同时要注意观察阴道出血情况，如出血量多、出血时间长等，应及时就医。
需要注意的是，流产对女性的身体和心理都会造成一定的影响，因此在性生活中应做好避孕措施，避免意外怀孕。如果没有怀孕的计划，建议在性生活中使用避孕套、口服避孕药等避孕方法，以减少意外怀孕的发生。