患有脑萎缩目前并没有能完全逆转病情的特效药物，但可以通过一些药物来缓解症状或延缓病情进展。一般会用到改善脑代谢的药物，比如奥拉西坦，它能促进脑内核酸、蛋白质及磷脂的合成，改善脑代谢。还有胞磷胆碱钠，可增加脑血流量，促进大脑物质代谢，对脑萎缩有一定辅助治疗作用。
改善脑代谢类药物
奥拉西坦： 属于促智药，能透过血脑屏障，选择性作用于大脑皮层和海马，促进磷酰胆碱和磷酰乙醇胺合成，提高大脑中ATP/ADP比值，使大脑中蛋白质和核酸合成增加。胞磷胆碱钠： 可以增强脑干网状结构上行激活系统的机能，增强锥体系统的机能，改善运动麻痹，促进大脑物质代谢，对促进大脑功能恢复和苏醒有一定作用。
对症治疗相关药物
如果伴有精神症状： 若脑萎缩患者出现焦虑、抑郁等精神症状，可能会用到抗焦虑或抗抑郁药物，如氟西汀等。氟西汀是一种选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，能改善患者的情绪状态，但需在医生评估后谨慎使用，尤其要注意药物的不良反应。如果伴有癫痫发作： 当脑萎缩患者合并癫痫时，会根据癫痫发作类型选用抗癫痫药物，比如丙戊酸钠。丙戊酸钠对多种类型的癫痫发作有治疗作用，但用药过程中要监测血药浓度等指标，观察药物疗效和不良反应。
针对基础疾病的药物
有高血压的患者： 如果脑萎缩患者同时患有高血压，需要服用降压药物控制血压，如氨氯地平。氨氯地平是长效钙通道阻滞剂，能平稳降压，但要注意部分患者可能出现头痛、水肿等不良反应，用药期间需监测血压变化。有糖尿病的患者： 若合并糖尿病，需使用降糖药物控制血糖，像二甲双胍。二甲双胍可降低2型糖尿病患者的空腹血糖及餐后血糖，但对于肾功能不全的患者要谨慎使用，需评估肾小球滤过率后调整剂量。