秋冬季小儿腹泻的病原体主要有病毒，也可能有细菌、真菌等。具体如下：
一、病毒：多数由病毒感染引发，如诺如病毒、轮状病毒等，主要症状是水样大便。治疗方面，主要是对症处理，要多喝水以补充水分，防止脱水发生。若有轻度脱水，可按医嘱口服补液盐；重度脱水则需进行静脉补液。
1.诺如病毒：是导致秋冬季小儿腹泻的常见病毒之一。
2.轮状病毒：也是常见的引起小儿腹泻的病毒类型。
二、细菌：像金黄色葡萄球菌、沙门菌、大肠埃希菌等，可能会导致黏液大便。治疗需遵医嘱服用抗生素药物，如阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒等，同时配合益生菌来调理肠道菌群，如双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等。
1.金黄色葡萄球菌：可引起相应症状。
2.沙门菌：会造成小儿腹泻且有特定表现。
3.大肠埃希菌：是引发此类腹泻的原因之一。
三、真菌：多见于白念珠菌，可出现豆腐渣样便或黄水样便，要在医生指导下服用抗真菌药物治疗，如制霉菌素片、伊曲康唑胶囊等。
1.白念珠菌：是导致真菌性小儿腹泻的常见病菌。
四、其他病原体：如寄生虫等也有可能。当出现这种情况时可到医院儿内科或儿科就诊，配合医生进行相关检查。腹泻期间应减少进食量，避免加重肠道负担。
总之，秋冬季小儿腹泻的病原体多样，应根据具体情况进行诊断和治疗，同时要注意腹泻期间患儿的护理。