阿莫西林和青霉素都属于β-内酰胺类抗生素，它们有密切联系也有区别。阿莫西林是半合成的青霉素类药物，而青霉素是天然提取的。
化学结构方面
青霉素： 是从青霉菌培养液中提取的天然抗生素，化学结构相对简单，基本结构是6-氨基青霉烷酸（6-APA）。阿莫西林： 是在青霉素的基础上进行化学修饰得到的半合成青霉素，它在6-APA的基础上引入了羟基，这种结构改变让它比青霉素更耐酸，口服吸收更好。
抗菌谱方面
青霉素： 对大多数革兰阳性菌，像链球菌、葡萄球菌等有较好的抗菌作用，不过现在很多金黄色葡萄球菌对青霉素产生了耐药性。它对一些革兰阴性菌的作用相对较弱。阿莫西林： 抗菌谱更广，除了对革兰阳性菌有作用外，对部分革兰阴性菌也有效果，比如流感嗜血杆菌、大肠埃希菌等有一定的抗菌活性，常用于呼吸道感染、泌尿系统感染等疾病的治疗。
临床应用方面
青霉素： 以前应用非常广泛，但由于耐药情况严重，现在主要用于一些特定的敏感菌感染，比如梅毒、回归热等疾病的治疗。阿莫西林： 临床应用更常见，像上呼吸道感染时，如果是细菌感染引起的，可能会用到阿莫西林来消炎；还有泌尿系统的轻度感染，阿莫西林也常被选用。不过使用前都需要做青霉素皮试，因为有过敏风险，约1% - 10%的人可能对青霉素类药物过敏，阿莫西林也不例外，皮试阳性者不能使用。