做药物流产的最佳时间一般为怀孕49天以内。但这只是一个大概的时间范围，具体的时间还需要根据B超检查结果来确定。
在怀孕49天以内，孕囊较小，通过药物流产可以使孕囊完全排出，减少残留的风险。如果怀孕时间过长，孕囊过大，药物流产可能无法完全排出孕囊，需要进行清宫手术，增加了手术的风险和难度。
需要注意的是，药物流产也有一定的适用范围和禁忌症。适用人群包括停经时间在49日以内、年龄在40岁以下、本人自愿要求使用药物终止妊娠的健康妇女，以及没有慢性疾病或过敏性哮喘病史的孕妇。禁忌症包括有使用米非司酮禁忌证、如肾上腺及其他内分泌疾病、妊娠期皮肤瘙痒史、与甾体激素有关的肿瘤、血液疾病或性传播疾病、心血管疾病、青光眼、高血压、低血压、哮喘、癫痫等。
此外，药物流产也存在一定的风险，如药流不全、出血时间长、感染等。因此，在进行药物流产前，需要进行全面的身体检查，并在医生的指导下进行。如果药流过程中出现大量出血、剧烈腹痛等异常情况，应及时就医。
总之，做药物流产的最佳时间是怀孕49天以内，但具体情况需要根据B超检查结果和个人身体状况来确定。在进行药物流产前，应咨询医生，了解相关风险和注意事项，并在医生的指导下进行。