结膜炎的眼药水选择需根据病因来定，细菌性结膜炎常用抗生素类眼药水，比如氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用，一般用药后数天内症状会有所改善；妥布霉素滴眼液也是常用的，对多种革兰阴性及阳性细菌有效。
细菌性结膜炎适用眼药水
氧氟沙星滴眼液： 主要针对敏感菌引起的细菌性结膜炎，能有效抑制细菌生长。使用时要注意，一般每天滴用3 - 5次，每次1 - 2滴。妥布霉素滴眼液： 对葡萄球菌属、链球菌属等有较好的抗菌活性，适用于细菌性结膜炎的治疗，通常每4 - 8小时滴眼1次，每次1 - 2滴。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 属于核苷类抗病毒药，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制，对单纯疱疹病毒性结膜炎有良好的疗效，一般每1 - 2小时滴眼1次。更昔洛韦眼用凝胶： 可抑制疱疹病毒的复制，用于治疗病毒性结膜炎，使用时轻轻将凝胶涂入结膜囊内，每天3 - 4次。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 是相对选择性的组胺H1受体拮抗剂，能缓解过敏性结膜炎的症状，通常推荐量为患眼每次1滴，每天2次。色甘酸钠滴眼液： 可以稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯、5 - 羟色胺等致敏介质，从而预防过敏性结膜炎的发作，一般每日滴用4次，每次1 - 2滴。需要注意的是，不同类型的结膜炎用药不同，而且在使用眼药水时，要严格按照正确的方法操作，比如滴药前要洗净双手，避免瓶口接触眼睛等。同时，儿童使用眼药水时要格外谨慎，最好在医生的指导下选择合适的眼药水，因为儿童的眼部发育尚未完全成熟，不当用药可能会对眼睛造成不良影响。