月经第五天同房对身体有无危害取决于月经期长短。每个人的月经期长短各异，一般是3至7天干净。若此时月经已完全干净，同房就不会对机体产生危害。但若月经第五天同房时月经尚未完全干净，就会给机体带来一定影响。
一、人体器官微妙且具有自我保护功能：
1.宫颈内口在非月经期是关闭的，能阻隔宫腔与外界，使外界细菌不易进入宫腔。
2.在月经期，为让经血流出，宫颈内口开放，使经血可迅速经阴道流出，此时宫腔与外界相通，因经血冲刷，一般不会造成上行感染。
二、月经未干净时同房的危害：
(1)若此时同房，开放的宫颈内口这一保护门户的作用消失，会导致上行感染，使子宫内膜或输卵管出现炎症。
总之，要禁止在月经未干净时同房，以避免生殖道炎症的发生。