厌氧菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如口腔厌氧菌感染时，可能会有口腔异味，还可能出现牙龈红肿、疼痛等症状，严重的可能导致牙龈化脓。
口腔部位厌氧菌感染症状
口腔异味： 厌氧菌在口腔内繁殖代谢，会产生一些有特殊气味的物质，导致患者口气重，而且很难通过普通的漱口等方式完全消除。牙龈症状： 牙龈可能会出现红肿，用手轻触时会有疼痛感觉，随着感染加重，牙龈可能会化脓，形成脓包，触碰脓包时疼痛明显加剧。
腹腔部位厌氧菌感染症状
腹痛： 腹腔内厌氧菌感染时，患者往往会感到腹部隐痛或者胀痛，疼痛位置可能不固定，而且疼痛会随着病情发展逐渐加重。部分患者还可能伴有腹胀，腹部看起来比较膨隆。消化道症状： 可能出现恶心、呕吐的情况，呕吐物有时会有异味。如果感染影响到肠道功能，还可能出现食欲减退，大便也可能出现异常，比如腹泻等。
妇科部位厌氧菌感染症状
阴道分泌物异常： 女性生殖系统感染厌氧菌时，阴道分泌物会增多，而且分泌物的颜色、气味会发生改变，可能呈现灰白色，伴有明显的鱼腥臭味。盆腔不适： 患者可能会感觉到盆腔部位有坠胀感，尤其是在站立过久或者活动后，这种坠胀感会更加明显。部分患者还可能出现下腹部疼痛，疼痛程度因人而异。
肺部厌氧菌感染症状
咳嗽咳痰： 肺部感染厌氧菌时，患者会出现咳嗽症状，起初可能是干咳，随着病情进展会咳出脓痰，痰的颜色可能为黄绿色，并且有特殊的臭味。发热： 多数患者会有发热表现，体温一般在38℃左右，也有部分患者体温会更高，达到39℃甚至以上，而且发热持续时间可能较长，如果不及时治疗，发热会反复出现。