藿香正气水不能治疗灰指甲。灰指甲是由真菌感染甲板或甲床引起的疾病，具有传染性。藿香正气水主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的感冒、呕吐、腹泻等症状，没有抗真菌的作用，因此不能用来治疗灰指甲。
灰指甲的治疗方法主要包括以下几种：
外用药物：如阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺甲涂剂等，可在医生的指导下使用。
口服药物：如伊曲康唑胶囊、特比萘芬片等，适用于外用药物无效或病情较为严重的患者。口服药物需要在医生的指导下使用，可能会有一定的副作用。
手术治疗：在药物治疗效果不佳或病情较为严重时，可能需要进行手术治疗，如拔甲或病甲清除术。
需要注意的是，灰指甲具有传染性，治疗期间应避免与他人共用生活用品，同时要注意个人卫生，保持足部清洁干燥。如果怀疑自己患有灰指甲，应及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。