肛瘘的主要症状有肛周反复流脓，大约50%以上的肛瘘患者会出现这种情况，脓液量时多时少，且分泌物刺激肛周皮肤会引起瘙痒，部分患者还会感觉肛周有肿块，按压时可能有疼痛感。
流脓情况
间断性流脓：肛瘘形成后，肛周会间断性地流出少量脓性、血性分泌物。在急性发作期，脓液会增多，而且脓液的性状可能会发生变化，比如刚开始是稀薄的脓性分泌物，随着病情发展可能变得浓稠。分泌物刺激：由于流出的脓液会不断刺激肛周皮肤，患者会感觉肛周瘙痒不适，常常忍不住去搔抓，长期搔抓可能会导致肛周皮肤破损、湿疹样改变等。
疼痛表现
周期性疼痛：当肛瘘内口堵塞，引流不畅时，会出现疼痛。疼痛程度不一，一般呈胀痛或跳痛。在脓液排出，引流通畅后，疼痛会暂时缓解，但当再次出现引流不畅时，疼痛又会发作，呈现出周期性疼痛的特点。按压有痛感：用手按压肛瘘的外口周围，会有明显的疼痛感，有时这种疼痛还会向会阴部、骶尾部放射。
肿块表现
肛周肿块：部分肛瘘患者能在肛周摸到肿块，肿块的大小因人而异，一般是因为肛瘘的管道以及周围组织的炎症反应、纤维组织增生等形成的。肿块活动度：这些肿块通常有一定的活动度，但如果肛瘘处于急性炎症期，肿块周围组织水肿明显，活动度会变差，而且肿块质地相对较硬。