子宫内膜薄可能由多种原因引起。一般来说，内分泌失调是常见因素之一，比如雌激素水平过低，正常女性体内雌激素水平在月经周期不同阶段有一定变化，若雌激素分泌不足，就可能导致子宫内膜薄。
内分泌因素：
雌激素水平异常： 雌激素对子宫内膜的生长起着关键作用。当体内雌激素分泌不足时，子宫内膜就无法正常增厚。例如，一些内分泌疾病可能影响雌激素的分泌，像多囊卵巢综合征患者，常常存在内分泌紊乱，雌激素水平相对较低，进而容易出现子宫内膜薄的情况。孕激素不足： 孕激素也参与子宫内膜的变化，若孕激素分泌不足，会影响子宫内膜从增生期向分泌期转化，从而导致子宫内膜薄。
宫腔操作史：
人工流产： 频繁的人工流产手术是导致子宫内膜薄的常见原因之一。在进行人工流产时，手术器械会对子宫内膜造成损伤，如果损伤较严重，就可能使子宫内膜基底层受损，影响子宫内膜的修复和生长，进而导致子宫内膜变薄。据统计，多次人工流产的女性发生子宫内膜薄的概率相对较高。清宫手术： 清宫手术同样会对子宫内膜造成伤害，尤其是过度清宫，会破坏子宫内膜的正常结构和功能，使得子宫内膜变薄。
子宫内膜病变：
子宫内膜炎： 长期的子宫内膜炎会影响子宫内膜的正常代谢和生长，炎症刺激可能导致子宫内膜出现粘连、变薄等情况。例如，女性如果患有慢性子宫内膜炎，没有得到及时有效的治疗，就可能逐渐出现子宫内膜薄的问题。子宫内膜结核： 子宫内膜结核是由结核杆菌感染引起的，结核杆菌会破坏子宫内膜组织，导致子宫内膜变薄，还可能影响生育功能。