龟头炎的治疗药物需根据不同病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎可选用抗生素类药物，比如莫匹罗星软膏等，通常用药后数天内症状可能有所缓解。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素：如果是细菌感染导致的龟头炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，起到抗感染作用。一般局部涂抹，每天2 - 3次。口服抗生素：病情较重或反复发作的细菌感染性龟头炎，可能需要口服抗生素，如头孢克洛等，不过使用前需确定没有过敏史。
真菌感染性龟头炎用药
外用抗真菌药：念珠菌感染引起的龟头炎，可选用克霉唑乳膏，涂抹在患处，每天1 - 2次，能抑制真菌繁殖。口服抗真菌药：对于严重的真菌感染，可能需要口服氟康唑等抗真菌药物，但要注意肝肾功能情况，用药需遵医嘱。
滴虫感染性龟头炎用药
硝基咪唑类药物：滴虫感染引起的龟头炎，常用甲硝唑，可口服也可局部使用甲硝唑凝胶。口服时一般按照医生指导的剂量服用，局部使用每天涂抹几次。
过敏因素导致龟头炎用药
外用糖皮质激素：如果是过敏引起的龟头炎，可短期外用弱效糖皮质激素，如氢化可的松软膏，但不能长期大量使用，以免引起不良反应。口服抗过敏药：同时可口服抗过敏药物，如氯雷他定，能缓解过敏引起的瘙痒等症状，每天服用一次。