咽喉炎的治疗药物需根据类型选择，一般来说，急性咽喉炎多由病毒或细菌感染引起，常用药物有抗病毒药和抗生素等；慢性咽喉炎则多需局部用药缓解症状。对于病毒感染引起的急性咽喉炎，常用抗病毒药物如利巴韦林等，不过一般70% - 80%的急性病毒性咽喉炎可在1周左右自愈，若症状明显可对症用些缓解症状的药物。
病毒感染引发的急性咽喉炎用药
抗病毒药物： 像利巴韦林，它能抑制病毒核酸合成，发挥抗病毒作用，但使用时要注意可能有贫血等不良反应。中成药： 蓝芩口服液也可用于病毒感染引起的急性咽喉炎，它有清热解毒、利咽消肿的功效，能缓解咽痛等症状。
细菌感染引发的急性咽喉炎用药
抗生素： 如果是细菌感染导致的急性咽喉炎，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林，它通过抑制细菌细胞壁合成来杀菌，但对青霉素过敏者禁用。头孢类抗生素： 头孢拉定也是常用的，不过同样要注意过敏问题，使用前需做皮试。
慢性咽喉炎用药
局部含漱剂： 复方硼砂含漱液可用于清洁口腔，减轻炎症，含漱时要注意按照说明书正确使用。局部含片： 西地碘含片能起到消毒防腐的作用，缓解咽部不适，但长期使用可能会有舌苔染色等情况。
特殊人群用药注意
儿童： 儿童患咽喉炎用药需格外谨慎，病毒感染引起的儿童急性咽喉炎，一般不优先使用抗生素，多以对症支持为主；细菌感染时选用抗生素要选择儿童适用的剂型，如儿童用的阿莫西林颗粒等，且要严格按照儿童体重等计算用量。孕妇： 孕妇患咽喉炎时，用药更需谨慎，病毒感染引起的尽量不用药，靠自身恢复或用相对安全的局部含漱剂等；细菌感染时需在医生评估下选择对胎儿影响小的抗生素，如头孢类抗生素（需确保不过敏）。