射精疼痛可能由多种原因引起。一般来说，比如由生殖系统炎症导致的射精疼痛较为常见，像附睾炎患者中约有一定比例会出现射精疼痛情况。
可能的病因类型
炎症性病因：
前列腺炎： 前列腺发生炎症时，在射精过程中，前列腺平滑肌收缩等会引发疼痛。前列腺炎分为急性和慢性，慢性前列腺炎较为多见，部分患者会有射精疼痛现象。精囊炎： 精囊发炎时，精囊处于充血状态，射精时精囊收缩也会导致疼痛，精囊炎患者中也有不少存在射精疼痛的情况。
结石相关病因：
尿道结石： 尿道内有结石，射精时尿液排出路径可能受结石影响，或者结石刺激尿道组织，从而引起射精疼痛。如果尿道结石较小，可能尺寸在几毫米左右，但也会引发不适。输精管结石： 输精管内出现结石，射精时输精管收缩推动精子等，结石会影响正常的射精过程，导致疼痛产生。
其他病因：
性生活不规律： 长期纵欲过度或者长期禁欲，都可能引起生殖系统相关器官的功能紊乱，进而出现射精疼痛。比如长期禁欲后突然有性生活，就可能出现这种情况。心理因素： 长期焦虑、紧张等不良心理状态，也可能影响神经系统对射精过程的调控，导致射精疼痛。一些长期处于高压工作环境的人，就可能受心理因素影响出现射精疼痛。