治疗扁平疣并无绝对的最佳方法，其常用治疗手段包括药物治疗、手术治疗、物理治疗。具体应根据个人体质和病情状况来选择合适的治疗方式。
一、药物治疗：
1.水杨酸软膏：可用于部分皮损情况。
2.0.05%~0.1%维A酸软膏：适用于特定病情，需按具体情况选择使用方法。
3.氟尿嘧啶软膏：是常用药物之一。
4.干扰素：发挥相应治疗作用。
5.斑蝥素：可作为治疗选择。
二、手术治疗：可采取将自体疣植入皮下脂肪层的方式，通过刺激机体释放细胞因子，产生抗病毒抗体，进而清除表皮上的人乳头瘤病毒。
三、物理治疗：
1.冷冻疗法：医生利用液氮制造低温，使皮损坏死、脱落，可能需要多次重复来实现去除皮损的效果。
2.激光治疗：常采用脉冲染料激光，借助高温让皮损坏死、脱落。
扁平疣患者务必在医生指导下选择适合自身的治疗方法，切不可自行用药，以免耽误病情。总之，要根据具体情况综合考虑，选择最为恰当有效的治疗手段来应对扁平疣。