怀孕40天是可以进行药物流产的，但无法确保能完全流干净，需依据具体情况判断。临床上，药物流产虽痛苦较小且对身体伤害相对也小，然而其成功率约为80%，存在流产不全的可能。届时女性可能出现长时间阴道流血，甚至常伴有下腹部剧烈疼痛，此时就需进行清宫手术。
一、女性若打算流产，建议务必前往正规医院咨询专业医生。首先要进行相关检查：
1.排除宫外孕的可能；
2.查看自身是否适合药物流产，以免引发不必要麻烦。
二、此外，怀孕40天女性也可选择人工流产，如常见的无痛人流手术：
1.这种方式不会有明显疼痛感，比较安全；
2.流产不全的发生率相对较低。
总之，怀孕40天选择流产方式需谨慎考虑，要在正规医院经过详细检查和专业医生指导后再做决定，以保障自身健康和安全。