支原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如呼吸道支原体感染，起病较缓慢，病程可持续2~3周。
呼吸道支原体感染症状
咳嗽表现： 初期多为干咳，之后可能会转为顽固性剧烈咳嗽，有时像呛咳一样，可持续较长时间，有的患者咳嗽症状会比较严重，甚至影响睡眠和日常生活。全身症状： 可能伴有发热，体温可高达39℃左右，发热可持续2~3周，体温恢复正常后仍可能有咳嗽症状。还可能出现头痛、乏力、咽痛等全身不适症状。
泌尿生殖道支原体感染症状
男性表现： 可能出现尿道刺痛、瘙痒，伴有不同程度的尿频、尿急，尿道口可能会有轻度红肿，分泌物稀薄、量少。有的患者还可能出现附睾炎，表现为阴囊部位疼痛、肿胀等。女性表现： 多数患者症状不明显，有症状者主要表现为尿道刺痛，不同程度的尿频、尿急，排尿时尿道灼热感。阴道分泌物增多，呈黏液脓性，外阴有瘙痒感等。
其他部位支原体感染症状
眼部支原体感染： 可引起结膜炎，出现眼睛红肿、疼痛、流泪、有异物感等症状，眼部可能会有较多分泌物。咽部支原体感染： 可导致咽炎，出现咽部不适、疼痛、咽干、咽痒等症状，有时可伴有声音嘶哑。