胎儿亲子鉴定准确率通常能达到99.9999%以上。这是因为目前常用的胎儿亲子鉴定技术，如无创胎儿亲子鉴定，是通过采集孕妇外周血，从中获取胎儿的游离DNA，与疑似父亲的DNA进行比对分析来确定亲子关系的。该技术利用了先进的基因检测技术，其准确性建立在大量的科学研究和临床验证基础之上。
无创胎儿亲子鉴定方面
检测样本获取： 主要是采集孕妇的静脉血，一般采集10ml左右的血液就可以进行检测。检测时间： 通常在孕妇怀孕7周以上就可以进行无创胎儿亲子鉴定，这个时候胎儿的游离DNA在孕妇外周血中的含量已经达到了检测要求。
羊水穿刺亲子鉴定方面
样本采集时间： 一般是在怀孕16 - 22周左右进行羊水穿刺采集样本。样本采集风险： 虽然羊水穿刺亲子鉴定的准确率也很高，但相对来说有一定的风险，比如有0.5%左右的流产风险，不过这个风险是在正规医疗机构由专业医生操作时可以大大降低的。其准确率同样能达到很高水平，基本也能达到99%以上。
绒毛穿刺亲子鉴定方面
样本采集时间： 通常在怀孕11 - 14周进行绒毛穿刺。样本采集风险： 绒毛穿刺也存在一定风险，流产风险大概在1%左右，它的准确率同样能达到较高水准，一般也能达到99%以上。不过由于其风险相对羊水穿刺更高一些，所以在选择时需要谨慎考虑。