小肚子隐隐作疼可能由多种原因引起，比如生理性因素、妇科疾病、肠道问题、泌尿系统问题等。
一、生理性因素
女性在月经期间，可能会因子宫收缩出现小肚子隐隐作疼，这是正常的生理现象，一般月经结束后会缓解。青春期女孩生长发育时，也可能出现小肚子隐隐作疼，多与身体发育有关。
二、妇科疾病
盆腔炎患者会有小肚子隐隐作疼，还可能伴有白带异常等症状；子宫内膜异位症也会导致小肚子反复隐隐作疼，尤其在经期前后可能加重，这类情况在有过宫腔操作史的女性中较常见。
三、肠道问题
消化不良时，肠道蠕动紊乱可能引起小肚子隐隐作疼，同时可能伴随腹胀、嗳气等；肠炎患者也会出现小肚子隐隐作疼，常伴有腹泻、大便性状改变等情况，饮食不卫生等易引发肠炎。
四、泌尿系统问题
膀胱炎患者会有小肚子隐隐作疼，还可能出现尿频、尿急等症状；输尿管结石也可能导致小肚子隐隐作疼，疼痛可能较剧烈且呈阵发性，还可能伴有血尿等表现。