制何首乌在临床应用中可能存在一定副作用。有研究显示，长期大量服用制何首乌可能会对肝脏造成一定影响，比如可能引起肝损伤，出现转氨酶升高等情况。
制何首乌可能导致的肝脏问题
肝损伤风险： 有临床报道指出，部分人在服用制何首乌后，会出现肝功能异常的情况，表现为血清丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天门冬氨酸氨基转移酶（AST）升高等。一般来说，如果长期超剂量服用制何首乌，发生肝损伤的几率可能会增加。个体差异影响： 不同个体对制何首乌的耐受程度不同，有些人可能本身肝脏基础较好，服用常规剂量的制何首乌时暂时未出现明显肝脏问题，但也不能掉以轻心，因为个体差异存在不确定性。
制何首乌对胃肠道的影响
胃肠道不适表现： 部分人服用制何首乌后可能会出现胃肠道不适症状，如恶心、呕吐、腹胀、腹痛等。例如，有些患者在服用制何首乌制剂后，会感觉胃部有不适的感觉，出现饱腹感或者隐痛等情况。与剂量的关系： 一般来说，服用剂量较大时，胃肠道不适的发生率可能相对较高。如果是按照正常的医疗建议剂量服用，相对来说胃肠道不适的发生几率会低一些，但也不是绝对不会出现。
特殊人群需注意的副作用风险
孕妇群体： 孕妇属于特殊人群，目前临床研究发现，孕妇服用制何首乌可能存在一定风险，可能会对胎儿产生不良影响，所以孕妇应避免服用制何首乌。肝肾功能不全者： 肝肾功能不全的人，由于自身肝脏和肾脏的代谢、解毒功能已经受损，服用制何首乌后，药物代谢和排泄会受到影响，更容易出现副作用，如加重肝脏和肾脏的负担，导致肝肾功能进一步恶化等情况。