刚出生小孩患有甲状腺功能减退主要可通过以下方法进行治疗：
一、服用药物
1.刚出生小孩若症状轻微，应在医生指导下口服左甲状腺素或甲状腺片等药物，能有效补充甲状腺激素，维持甲状腺正常功能，这对促进小孩神经系统发育、改善生长发育落后状况等极为重要。
2.若病情较为严重，通常需要终身服用甲状腺制剂，并要长期随访。
二、控制感染
甲状腺功能减退的宝宝抵抗力差，所以在日常生活中防止感染十分关键，一旦发生感染还应积极进行控制。
三、给氧治疗
如果出现呼吸困难等症状，应及时给予氧气治疗。
甲状腺功能减退症是由于甲状腺激素合成或分泌减少所引发的疾病，可分为原发性和继发性，家长应尽快带孩子前往医院进行治疗。
总结：对于刚出生就患有甲状腺功能减退的小孩，可通过服用药物、控制感染、给氧治疗等方式来应对，要根据具体病情选择合适的治疗手段，且家长需及时带孩子就医治疗。