总是胚胎停育可能由多种原因引起。据统计，胚胎停育约50%-60%是由于胚胎染色体异常导致的，这是最常见的原因之一。
一、染色体因素：
胚胎自身染色体问题： 受精卵在形成过程中，如果染色体发生数目或结构的异常，就很容易出现胚胎停育。比如常染色体三体、性染色体异常等情况，都会影响胚胎的正常发育，这类因素导致的胚胎停育往往是偶发的，但也有部分人会反复出现。父母染色体异常遗传： 若父母双方有一方存在染色体平衡易位、倒位等结构异常，就有可能遗传给胚胎，从而增加胚胎停育的发生几率。例如父亲或母亲携带平衡易位染色体，那么他们的生殖细胞结合形成胚胎后，染色体异常的概率就会升高，进而导致反复胚胎停育。
二、母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。比如黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，无法为胚胎提供良好的着床和发育环境，约有30%-40%的胚胎停育与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会影响胚胎发育，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰胚胎的正常代谢和发育过程。子宫因素： 子宫的形态和结构异常会影响胚胎着床。如子宫内膜息肉，会占据宫腔空间，影响胚胎着床；子宫黏膜下肌瘤会改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育；子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫腔的形态异常不利于胚胎生长。
三、免疫因素：
自身免疫异常： 女性体内存在抗磷脂抗体、抗核抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血液循环，导致胎盘缺血缺氧，从而引起胚胎停育。大约10%-20%的反复胚胎停育与自身免疫异常有关。同种免疫紊乱： 母体对胚胎的免疫耐受失衡，母体免疫系统将胚胎视为“外来物”进行攻击，也会导致胚胎停育。比如自然杀伤细胞活性异常增高，会对胚胎造成损伤，影响其正常发育。
四、环境因素：
化学物质接触： 长期接触某些化学物质，如苯、甲醛、农药等，会对胚胎发育产生不良影响，增加胚胎停育的风险。例如在化工行业工作的女性，长期接触这些化学物质，反复胚胎停育的可能性会比普通人高。放射性物质暴露： 长时间处于有放射性的环境中，如接受过量的X射线照射等，会导致胚胎细胞受损，引起胚胎停育。