打完九价第二针后发现怀孕了，需要采取以下措施：
1.停止继续接种九价疫苗：九价疫苗可能对胎儿有潜在影响，因此应立即停止接种剩余针次。
2.及时就医进行检查：应尽快就诊，进行详细的产前检查，包括超声检查以确定孕囊的位置和发育情况，以及抽血检查孕激素和人绒毛膜促性腺激素（hCG）水平等。
3.告知医生接种疫苗的情况：在产前检查时，务必告知医生已经接种了九价第二针疫苗，以便医生综合评估并提供个性化的建议。
4.密切观察身体状况：注意观察是否有阴道流血、腹痛等异常症状，如有异常应及时就医。
5.补充叶酸：在得知怀孕后，应开始补充叶酸，以预防胎儿神经管缺陷。
6.进行产前筛查和诊断：医生可能会建议进行一些产前筛查和诊断，如唐氏综合征筛查、无创产前基因检测等，以评估胎儿的健康状况。
7.咨询遗传咨询师：对于高风险人群或有家族遗传病史的孕妇，可能需要咨询遗传咨询师，了解进一步的遗传咨询和产前诊断选项。
8.遵循医生的建议：最重要的是遵循医生的建议，定期进行产前检查，密切关注胎儿的发育情况，并根据医生的指导进行相应的处理。
需要注意的是，目前关于九价疫苗对孕妇和胎儿的影响的研究有限，因此具体的处理方式应根据个体情况和医生的建议来决定。每个孕妇的情况都是独特的，医生会根据具体情况提供个性化的建议和指导。此外，接种九价疫苗并不是怀孕的绝对禁忌症，如果在接种疫苗后发现怀孕，不必过于惊慌，但应及时就医并与医生充分沟通。