目前治疗脑血栓的药物主要有以下几类。一般来说，溶栓药物是治疗脑血栓的重要药物之一，像阿替普酶，它能在发病 4.5 小时内使用，有溶解血栓、恢复血管再通的作用。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 是常用的抗血小板聚集药物，能抑制血小板的聚集，从而预防血栓的进一步形成。一般建议有脑血栓风险的患者可以长期小剂量服用，但要注意可能会有胃肠道不适等副作用，比如恶心、呕吐等，有严重胃肠道疾病的患者要慎用。氯吡格雷： 也是抗血小板聚集的药物，对于不能耐受阿司匹林的患者可以选用。它的作用机制是抑制血小板表面的受体，阻止血小板聚集。不过，使用氯吡格雷也可能会有出血的风险，比如皮肤瘀斑、胃肠道出血等情况要留意。
抗凝药物
肝素： 可以通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性，发挥抗凝作用，能防止血栓的扩展。但是使用肝素需要密切监测凝血功能，因为过量使用可能会导致出血倾向增加，像皮肤出血点、鼻出血等情况都要关注。华法林： 属于口服抗凝药物，能抑制维生素 K 依赖的凝血因子的合成，从而起到抗凝效果。不过，华法林的剂量需要根据国际标准化比值（INR）来调整，而且很多食物和药物会影响其药效，比如绿叶蔬菜、抗生素等，患者用药期间需要定期复查 INR。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用，对于脑血栓导致的神经功能缺损有一定的改善作用。它一般是通过静脉滴注的方式给药，使用过程中要注意可能会出现肾功能损害等不良反应，所以用药期间需要监测肾功能。胞磷胆碱钠： 可以改善脑代谢，促进大脑功能的恢复。它能增强脑干网状结构上行激活系统的功能，促进苏醒，还能改善大脑循环。这种药物相对比较安全，但也可能会有胃肠道不适等轻微反应。