HPV阳性的处理需根据具体情况而定，一般来说，约80%的人感染HPV后会在1-2年内靠自身免疫力清除病毒，无需特殊治疗，但需要定期复查。
自身免疫清除为主
人体自身免疫系统有清除HPV的能力，多数免疫力正常的人感染低危型HPV，如引起生殖器疣的类型，在12个月内清除的概率约60%，24个月内清除率可达90%左右；对于高危型HPV，也有相当一部分人能依靠自身免疫力在1-2年内将病毒清除。
医疗干预情况
针对低危型HPV引起病变
生殖器疣处理：如果低危型HPV引起生殖器疣等病变，可采用物理治疗，如激光治疗，一般单次激光治疗费用在几百元不等，能直接去除疣体，但有复发可能；还可使用冷冻治疗，冷冻治疗相对简便，价格大概每次几十元到百元左右，通过低温使疣体坏死脱落。
针对高危型HPV持续感染
使用干扰素：对于高危型HPV持续感染，可使用干扰素，它具有抗病毒和免疫调节作用，能帮助机体增强对HPV的清除能力，但具体疗效个体差异较大。一般需要持续使用一段时间，可能几个月。定期宫颈筛查：无论低危还是高危型HPV阳性，都要定期进行宫颈细胞学检查（如TCT）以及HPV复查，一般建议每6-12个月复查一次，通过检查观察宫颈是否有病变进展情况。比如，30岁以上女性可联合进行TCT和HPV检测，以便更全面评估宫颈状况。
生活方式调整助力恢复
增强免疫力：要注意均衡饮食，保证摄入充足的蛋白质、维生素等营养物质，像每天应摄入一定量的蔬菜水果，如每天保证500克左右的蔬菜和200-300克的水果；还要适度运动，每周进行至少150分钟的中等强度有氧运动，如快走、慢跑等；同时要保证充足睡眠，成年人每天应保证7-8小时的高质量睡眠，这些都有助于提升自身免疫力，帮助清除HPV。避免交叉感染：在感染HPV期间，要避免性行为传播给他人，同时注意个人卫生，保持外阴清洁干燥，勤换内裤等，防止因局部环境潮湿等因素导致病毒持续存在或加重感染情况。