表皮囊肿的治疗主要以手术切除为主，完整切除囊肿是关键，一般手术切除后复发几率较低。
手术治疗方式
小囊肿切除：对于较小的表皮囊肿，可在局部麻醉下直接进行切除。手术时将囊肿完整剥离，通常伤口较小，术后恢复相对较快。较大囊肿切除：如果表皮囊肿较大，可能需要做梭形切口切除，将囊肿及其周围部分组织一并切除，以保证彻底清除囊肿组织，降低复发风险。
非手术治疗情况
观察随访：对于一些非常小且没有症状的表皮囊肿，可以选择观察随访。定期观察囊肿的大小、形态等变化，如果囊肿一直没有变化且无症状，也可以不做特殊处理。但如果在观察期间囊肿出现增大、疼痛、感染等情况，则需要考虑手术治疗。穿刺抽吸：个别情况下可尝试穿刺抽吸囊液，但单纯穿刺抽吸很难彻底治愈，因为囊壁仍然存在，后续囊肿容易复发。而且穿刺后如果护理不当还可能引起感染等并发症。
术后注意事项
伤口护理：手术后要保持伤口清洁干燥，按照医生要求定期换药，一般术后7~10天左右拆线。如果伤口出现红肿、渗液等感染迹象，应及时就医处理。避免刺激：在伤口愈合期间，要避免手术部位受到摩擦、挤压等刺激，同时要注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物，以免影响伤口愈合。复发监测：即使进行了手术切除，也需要定期复查，观察是否有囊肿复发的情况。如果复发，可能需要再次考虑手术等治疗方式。