怀孕39天时上厕所有点血，可能是以下原因导致：
1.先兆流产：怀孕39天属于孕早期，此时胎盘尚未发育成熟，孕囊在子宫内附着尚不牢固，同房、过度劳累、孕酮值低下等因素可能导致先兆流产，引起阴道少量出血。出血量通常较少，多为暗红色或血性白带，常伴有阵发性下腹部疼痛。如果症状持续加重，可能发展为难免流产。孕妇应及时就医，进行B超、血孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）等检查。如果确诊为先兆流产，应注意卧床休息，禁止同房，并在医生的指导下使用黄体酮、地屈孕酮等药物进行保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，由于孕囊着床位置异常，随着孕囊的生长发育，会导致输卵管破裂，引起阴道出血，常伴有下腹疼痛。如果出血量较多，可出现晕厥和休克等症状。B超检查是诊断异位妊娠的重要方法，一旦确诊，应立即住院治疗。根据病情的严重程度，可选择手术治疗或药物保守治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物，质地脆弱，触碰后容易出血。息肉可发生在宫颈的任何部位，以宫颈外口处为多见。多表现为性生活或妇科检查后阴道出血，出血量一般不多。宫颈息肉通常需要手术切除，术后还需要进行病理检查，以排除恶变的可能。
4.其他：葡萄胎、宫颈癌等疾病也可能导致怀孕39天阴道出血。
总之，怀孕39天阴道出血是一种异常情况，需要引起重视。孕妇应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情舒畅，按时产检。