双肾结石的治疗方法需根据结石大小、症状等因素综合判断。一般来说，直径小于0.6厘米的结石有自行排出的可能，而较大的结石可能需要手术等干预。
一、保守治疗
小结石观察等待： 如果双肾结石较小，直径在0.4厘米左右且没有明显症状，可先观察等待，定期复查超声，了解结石变化情况。增加饮水量： 每天饮水量要达到2000~3000毫升以上，大量饮水可以增加尿量，有助于小结石的排出，还能稀释尿液，减少结石形成的机会。比如可以多喝白开水、淡茶水等，但要避免喝过多含高钙、高草酸的饮品。
二、药物辅助治疗
排石药物： 可以使用一些促进结石排出的药物，如α受体阻滞剂等，这类药物能松弛输尿管平滑肌，促进结石排出。但药物的使用需要在医生指导下进行，因为不同情况适用的药物不同。碱化尿液药物： 对于尿酸结石，可以使用枸橼酸氢钾钠等药物碱化尿液，改变尿液酸碱度，使尿酸结石溶解。不过用药时要注意监测尿液pH值等指标。
三、手术治疗
体外冲击波碎石： 如果结石直径在0.6~2厘米左右，且位置合适，可以考虑体外冲击波碎石。通过体外发射冲击波，将结石击碎，然后随尿液排出体外。但体外冲击波碎石可能需要多次进行，而且对于一些复杂位置的结石效果不佳。输尿管镜取石或经皮肾镜取石： 当结石较大，如直径超过2厘米，或者体外冲击波碎石效果不好时，可能需要进行输尿管镜取石或经皮肾镜取石手术。经皮肾镜取石是通过腰部穿刺建立通道，进入肾脏取出结石；输尿管镜取石则是通过尿道、输尿管进入肾脏取石。手术有一定的创伤，但对于较大结石是有效的治疗手段。