灰指甲治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法。其中外用药物治疗相对比较温和，常用的有30%冰醋酸溶液，不过使用时要注意避免接触周围正常皮肤，一般需要持续使用3~6个月才能看到较好效果。
外用药物治疗
局部涂抹制剂：像阿莫罗芬搽剂就是常见的外用药物，它能渗透进甲板发挥作用。使用时要先把病甲尽量修薄，然后再涂抹搽剂，每周使用1~2次。不过这类药物起效相对较慢，而且对于严重的灰指甲可能单独使用效果不够理想。复方制剂：还有一些复方的外用抗真菌药膏，使用时要均匀涂抹在病甲及周围皮肤，坚持使用也能抑制真菌生长，但同样需要较长时间。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种常用的口服抗真菌药，采用冲击疗法，即每月服用1周，连续服用3~4个月。它对肝脏有一定影响，所以在用药前需要检查肝功能，用药过程中也要定期复查肝功能。特比萘芬：也是口服抗真菌药，一般每天服用一次，连续服用3个月左右，不过同样要关注肝功能情况，它的吸收相对较好，但也存在个体差异。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰指甲可以考虑拔甲，把病甲拔除后，再配合外用抗真菌药物。不过拔甲会比较疼痛，而且甲床暴露后容易受到感染，术后需要精心护理，让新甲慢慢生长，一般需要几个月时间新甲才能完全覆盖。激光治疗：利用特定波长的激光来破坏真菌生存的环境，达到治疗灰指甲的目的。激光治疗相对痛苦较小，但是可能需要多次治疗，而且费用相对较高，对于严重程度不同的灰指甲效果也有差异。在治疗灰指甲过程中，要注意个人卫生，保持足部或手部清洁干燥，避免与他人共用鞋袜、毛巾等物品，防止交叉感染。同时，有糖尿病等基础疾病的患者要积极控制基础病，因为这类人群灰指甲更容易复发且治疗相对困难。