13岁男孩阴茎变黑可能是正常的生理发育现象，也可能与疾病有关，具体原因如下：
正常的生理发育：在青春期，男孩的睾丸会分泌大量的雄激素，这些激素会促进阴茎的发育和色素沉着，导致阴茎变黑。此外，阴囊和阴茎的皮肤也会逐渐变黑，这是正常的生理变化，不必过于担心。
疾病：某些疾病也可能导致阴茎变黑，如色素沉着性疾病、炎症后色素沉着等。此外，长期摩擦、刺激阴茎也可能导致色素沉着。
需要注意的是，如果男孩的阴茎变黑伴随着其他症状，如疼痛、瘙痒、肿胀、溃疡等，或者变黑的程度异常，建议及时就医，进行相关检查，以排除疾病的可能。
在日常生活中，男孩应该注意保持阴茎的清洁和卫生，避免过度摩擦和刺激，穿着宽松的内裤，避免紧身裤和牛仔裤等。如果对阴茎的发育和健康有任何疑问，建议及时咨询医生或专业的医疗机构。