结膜炎用药需根据类型选择，细菌性结膜炎常选抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌 DNA 旋转酶，从而阻碍细菌 DNA 复制，一般用药后数天内症状可改善；而病毒性结膜炎可选用阿昔洛韦滴眼液，它能干扰病毒 DNA 多聚酶，抑制病毒的复制，通常用药疗程可能需 1 - 2 周左右。
细菌性结膜炎常用眼药水
抗生素类眼药水： 像氧氟沙星滴眼液，对多种革兰氏阳性菌和阴性菌有抗菌作用，能有效杀灭引起细菌性结膜炎的病菌。使用时要注意，开封后保质期较短，一般不超过 4 周，且滴药时瓶口不要接触眼部，避免污染药液。妥布霉素滴眼液： 属于氨基糖苷类抗生素，对葡萄球菌属及链球菌属等有较好的抗菌活性，儿童也可使用，但使用前需先清洁双手，然后轻轻拉下眼睑滴入结膜囊内。
病毒性结膜炎常用眼药水
抗病毒类眼药水： 更昔洛韦滴眼液也是常用的，它能竞争性抑制病毒 DNA 多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的 DNA 中，阻止病毒 DNA 合成，从而发挥抗病毒作用。在使用该眼药水时，可能会出现轻度的眼部刺激症状，如灼热感、刺痛等，一般可耐受，若症状明显需停药就医。利巴韦林滴眼液： 能抑制肌苷单磷酸脱氢酶，阻断肌苷酸转化为鸟苷酸，从而抑制病毒的 RNA 和 DNA 合成，对多种病毒有抑制作用，使用时同样要注意避免瓶口污染。
过敏性结膜炎常用眼药水
抗组胺类眼药水： 富马酸依美斯汀滴眼液可迅速缓解过敏性结膜炎的眼部瘙痒等症状，它能选择性地结合组胺 H1 受体，从而阻断组胺引起的过敏反应。使用时可能会有头痛、苦味等不良反应，一般较轻微。肥大细胞稳定剂： 色甘酸钠滴眼液能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，释放组胺、白三烯等致敏介质，从而预防过敏反应的发生，可用于预防过敏性结膜炎的发作，使用时要注意正确滴药方法，避免药水瓶口接触眼部。