阴茎根部毛孔长黑色疣可能是以下情况：
一、皮脂腺囊肿：因为患者阴部毛发众多，易使皮脂腺分泌旺盛，进而导致毛孔堵塞，还易滋生细菌引发感染，从而表现出阴茎根部毛孔长黑色疣，该黑色疣往往伴有红肿、疼痛等症状。对于这种情况，建议患者在医生指导下使用以下药物：
1.头孢克洛胶囊：可起到一定的消炎作用。
2.左氧氟沙星片：有助于控制感染。
二、尖锐湿疣：这通常是人乳头瘤病毒感染导致的性传播疾病。患者的生殖器、肛周等部位感染后一般会出现红疹、赘生物等，颜色常呈肤色、粉红色或黑色、褐色等，同时伴有瘙痒、疼痛等现象，若不加以治疗，这些赘生物会逐渐发展成菜花样。对此，患者可在医生指导下使用如下药物缓解：
1.咪喹莫特乳膏：能改善症状。
2.鬼臼毒素酊：有一定疗效。
总之，建议患者先前往医院进行检查，然后在医生的指导下进行针对性治疗。