抗磷脂综合征的发病原因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。一般认为遗传因素在其中起到一定作用，约有1/3的抗磷脂综合征患者存在家族遗传倾向。
遗传因素相关
基因方面的关联： 一些特定的基因变异可能增加患抗磷脂综合征的风险。例如，有研究发现某些人类白细胞抗原（HLA）基因的变异与抗磷脂综合征的发病相关。HLA基因在免疫系统中发挥重要作用，其变异可能影响免疫系统的功能，使得机体更容易出现针对自身磷脂相关抗原的异常免疫反应。
自身免疫因素影响
免疫系统异常激活： 人体的免疫系统本应保护机体免受外来病原体的侵害，但在抗磷脂综合征患者中，免疫系统出现异常激活。自身抗体的产生是关键因素之一，体内会产生抗心磷脂抗体、狼疮抗凝物等自身抗体。这些自身抗体与体内的磷脂结合，形成免疫复合物，沉积在血管内皮细胞等部位，激活凝血系统，导致血管血栓形成等一系列病理改变。比如抗心磷脂抗体，它可以干扰磷脂依赖的凝血过程，使血液更容易处于高凝状态，进而引发血栓等并发症。
感染因素的作用
感染可能诱发： 某些感染可能是抗磷脂综合征的诱发因素。例如，病毒感染，像疱疹病毒感染等。当人体感染这些病毒后，可能会触发自身免疫反应的失衡。病毒感染可以改变机体的免疫状态，使得原本处于静止状态的自身免疫相关细胞被激活，产生大量针对磷脂相关抗原的自身抗体，从而启动抗磷脂综合征的发病过程。不过目前对于具体是哪些病毒以及如何精确触发发病的机制还在进一步研究中。