头发根长小疙瘩可能由多种原因引起，常见的有毛囊炎、脂溢性皮炎等。
一、毛囊炎
多因细菌等病原体感染毛囊所致。细菌可通过毛囊口侵入，引发炎症反应，导致头发根处出现小疙瘩，常伴有红肿、疼痛等症状。好发于头皮油脂分泌旺盛、个人卫生状况不佳的人群，尤其青少年皮脂腺分泌活跃时更易出现。
二、脂溢性皮炎
与皮脂腺分泌旺盛、马拉色菌感染等有关。头皮油脂分泌过多，马拉色菌繁殖，刺激头皮引发炎症，表现为头发根有小疙瘩，还可能伴有头皮瘙痒、脱屑等情况。饮食油腻、作息不规律的人易患，年龄跨度较广，各年龄段都可能出现。
三、过敏反应
接触某些过敏原，如染发剂、发胶等，可引起头皮过敏，出现头发根长小疙瘩，常伴有瘙痒。过敏体质者接触过敏原后更易发生，不同过敏原引发过敏的时间和表现可能不同。
四、寄生虫感染
头虱等寄生虫感染头皮，也会导致头发根长小疙瘩，多有瘙痒感，可在头发上发现虱虫或虫卵。个人卫生条件差、与他人密切接触时易感染头虱，儿童在集体生活中感染风险相对较高。