怀孕40天时流血，可能存在宫外孕、先兆流产、孕酮过低等情况：
一、宫外孕：宫外孕早期往往会有阴道出血现象，同时还伴有患侧腹痛。此时应尽快做彩超检查来排查宫外孕。对于宫外孕，要依据患者具体状况选择保守治疗还是手术治疗。比如患者病情相对稳定，孕囊较小且无破裂出血迹象等，可能适合保守治疗；而若患者病情危急，有破裂出血风险或已经破裂出血，则多需手术治疗。
二、先兆流产：怀孕早期若孕妇有剧烈运动、进行重体力活动、有性生活或是孕囊自身发育异常等情况，都可能引发先兆流产。这时应及时前往医院，在医生指导下进行相关检查，必要时要尽快遵循医嘱选择合适的治疗方案进行保胎，比如绝对卧床休息等。
三、孕酮过低：孕妇本身孕酮过低也会致使怀孕早期出现阴道出血。这种情况下，需要及时检测孕妇的孕酮水平是否过低。若确实是因孕酮低导致的，就应在医生指导下及时补充孕酮来进行保胎治疗。
总之，怀孕40天流血要重视，及时明确原因并采取相应的处理措施。