正常情况下，女性双侧卵巢每月会交替排卵，所以即便患有单侧卵巢巧克力囊肿，依然存在怀孕的可能。尽管卵巢巧克力囊肿会致使怀孕几率下降，然而在对侧卵巢及输卵管功能正常时，怀孕几率可达百分之五十。巧克力囊肿亦称卵巢子宫内膜异位症，是因子宫内膜异位到卵巢而引发的，其最为常见的症状当属周期性腹痛，卵巢巧克力囊肿破裂会使囊肿内容物进入盆腔，长期的炎症刺激可对同侧卵巢及输卵管的正常生理功能产生影响，进而造成不孕。
一、通常在患病初期，由于囊肿较小，一般不会将卵巢及输卵管完全堵塞，此时卵巢仍具备正常的排卵功能，输卵管也有输送卵子的功能，所以依然能够正常怀孕。
1.在患病初期，囊肿体积较小，不会完全堵塞卵巢和输卵管。
2.卵巢能正常排卵，输卵管能正常输送卵子，故有正常怀孕的可能。
二、但当卵巢巧克力囊肿进一步增大，导致卵巢无法正常排卵，单侧卵巢及输卵管丧失正常生理功能，而在对侧输卵管及卵巢功能正常时，依旧可以自然怀孕，只是怀孕的几率为百分之五十。
1.囊肿进一步增大时会影响卵巢排卵，使单侧卵巢和输卵管功能丧失。
2.对侧输卵管和卵巢功能正常时可自然怀孕，几率为百分之五十。
对于患有单侧卵巢巧克力囊肿的情况，一般建议先将疾病治愈后再考虑怀孕，这是因为孕期激素水平的改变可能会刺激囊肿，促使病情加重，从而加重孕期的心身负担。通常针对单侧卵巢巧克力囊肿可进行保留生育的手术治疗，切除病灶并保留正常的生理结构，待身体完全康复后再进入备孕状态。
总之，患有单侧卵巢巧克力囊肿仍有怀孕可能，但要根据具体情况判断，且一般建议先治病后怀孕，治疗可采取合适的手术方式，以利于后续备孕。