巨结肠宝宝的大便通常有一些特殊表现。一般来说，巨结肠宝宝出生后24-48小时内往往不排胎便或仅有少量胎便排出，之后会出现排便困难的情况。
排便频率方面
排便间隔长： 巨结肠宝宝排便间隔时间比正常宝宝长很多，可能好几天才排一次便。比如正常宝宝可能1 - 2天排一次便，而巨结肠宝宝可能3 - 5天甚至更久才会有排便动作。排便困难： 宝宝排便时会很用力，脸憋得通红，但是排出的大便量很少。这是因为结肠存在病变，导致粪便通过受阻。
大便性状方面
大便干结： 由于粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，所以巨结肠宝宝排出的大便往往比较干结，像羊屎蛋一样。这种干结的大便很难排出，会进一步加重肠道的梗阻情况。大便形状异常： 有的巨结肠宝宝大便形状不规则，可能不是正常的圆柱形，而是变细的情况。这是因为病变的结肠影响了大便的正常成型和通过。
伴随症状相关大便表现
腹胀时的大便： 巨结肠宝宝常伴有腹胀，此时大便的排出会更加困难。而且腹胀严重时，即使有少量大便排出，也可能伴随着腹胀缓解不明显的情况。同时，有些宝宝可能会出现大便带血的情况，这是因为干结的大便刺激肠道黏膜，导致黏膜损伤出血。