孕妇吃益生菌的最佳时间没有绝对统一的标准，通常可根据自身肠胃状况来选择。一般建议在饭后半小时左右服用较为合适。
晨起空腹时
晨起空腹状态下，胃肠道相对较为空虚，此时服用益生菌，益生菌能更快地到达肠道发挥作用，有助于调节肠道菌群平衡，对改善肠道功能可能有一定帮助。但部分孕妇晨起空腹服用后可能会出现肠胃不适，若有这种情况则不建议选择晨起空腹时服用。
睡前
睡前服用益生菌也是一种可选时间。睡前服用后，益生菌在肠道内可以持续作用一段时间，有助于在夜间调节肠道菌群，不过同样要注意个体差异，有的孕妇可能服用后会影响睡眠，若出现这种情况需调整服用时间。
两餐之间
两餐之间服用益生菌，此时胃肠道负担相对较轻，也能使益生菌较好地发挥作用，不过相对来说，饭后半小时和睡前的选择更为常用一些。孕妇在选择服用益生菌时间时，还需考虑自身的身体状况，比如有胃肠道基础疾病的孕妇，要根据自己服用后的反应来灵活调整服用时间，以达到更好的调节肠道菌群等有益效果，同时服用益生菌时最好遵循医生的建议。