慢性结肠炎的症状较多，常见的有腹泻，多数患者会出现反复发作的腹泻，大便次数可能每日数次到十余次不等，粪便多为糊状，可含有黏液、脓血等。
腹痛表现
隐痛或胀痛： 患者常感腹部隐痛或胀痛，多位于下腹部，疼痛程度一般较轻，在进食后可能会有加重趋势，但休息后可能会有所缓解。阵发性绞痛： 部分患者会出现阵发性的腹部绞痛，这是因为肠道蠕动紊乱，痉挛导致的，疼痛发作时可能较为明显，让人感觉不适。
肠道外表现
关节症状： 少数患者会出现关节疼痛、肿胀等症状，以大关节受累较为常见，如膝关节、踝关节等，疼痛程度不一，可能会影响关节的活动。皮肤表现： 有的患者会出现皮肤红斑、结节性红斑等皮肤问题，红斑可出现在身体多个部位，结节性红斑一般表现为皮下结节，伴有疼痛等不适。
全身症状
乏力： 患者会感到全身乏力，精神状态较差，这是因为肠道长期慢性炎症，身体处于消耗状态，营养吸收受到一定影响，从而出现全身乏力的情况。消瘦： 由于肠道功能紊乱，营养吸收不良，部分患者会出现体重逐渐减轻、消瘦的现象，如果病情长期不得到有效控制，消瘦可能会比较明显。