长期使用复方丙酸氯倍他索软膏可能会带来一些副作用。一般来说，长期使用该药物可能出现皮肤萎缩、毛细血管扩张等情况。
皮肤方面的副作用
皮肤萎缩： 长期使用复方丙酸氯倍他索软膏，可能会导致皮肤萎缩。表现为皮肤变薄，看起来比较松弛，就像皮肤失去了原本的饱满状态一样。而且皮肤的弹性也会下降，用手触摸时感觉和正常皮肤不一样。毛细血管扩张： 还可能出现毛细血管扩张的现象。脸部等部位可能会看到明显的红血丝，这是因为药物长期作用导致皮肤的毛细血管变得更加明显，影响皮肤的外观。
系统方面的副作用（相对少见但需注意）
肾上腺皮质功能抑制： 虽然比较少见，但长期使用这类强效糖皮质激素制剂，有可能影响肾上腺皮质的功能。不过一般是在长期大面积使用的情况下才会发生，会干扰体内正常的激素调节。例如可能会对身体的应激反应产生一定影响，不过这种情况相对发生率不高，但一旦出现需要引起重视。
对皮肤屏障功能的影响
皮肤屏障受损： 长期使用复方丙酸氯倍他索软膏会破坏皮肤的屏障功能。正常皮肤的屏障可以防止外界有害物质侵入和体内水分流失等，而长期使用该药物后，皮肤的这种屏障功能被破坏，就容易出现皮肤干燥等问题，而且皮肤对外界刺激的抵御能力下降，更容易受到外界因素的影响而出现炎症等情况。比如皮肤会比正常时更干燥，稍微受到一些摩擦或者外界刺激就可能发红、不适等。