口腔白塞氏病的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、感染因素以及免疫异常等有关。遗传因素方面，研究发现某些基因的遗传多态性与口腔白塞氏病的发病有一定关联，有家族聚集倾向的人群患病风险相对较高；感染因素中，病毒、细菌等病原体的感染可能会触发异常免疫反应从而引发疾病，比如单纯疱疹病毒、链球菌等感染都可能与该病的发生存在一定联系；免疫异常方面，患者体内存在免疫功能紊乱，免疫系统会错误地攻击自身组织，导致口腔等部位出现炎症反应，出现口腔溃疡、眼部病变、生殖器溃疡等症状。
遗传因素相关
基因关联： 研究表明，人类白细胞抗原（HLA）基因与口腔白塞氏病的发病密切相关。其中HLA-B51基因在白塞氏病患者中的阳性率明显高于正常人群，大约有50% - 70%的白塞氏病患者携带HLA-B51基因。家族聚集性： 如果家族中有亲属患有白塞氏病，那么其他家庭成员患病的风险会比普通人群高出数倍。例如，在一个家庭中，父母一方患有白塞氏病，其子女患病的概率会高于没有家族史的孩子。
感染因素相关
病毒感染： 单纯疱疹病毒被认为可能是引发口腔白塞氏病的病原体之一。当人体感染单纯疱疹病毒后，可能会激活免疫系统的异常反应，进而影响到口腔等部位的组织，导致白塞氏病相关症状的出现。细菌感染： 链球菌等细菌感染也可能与口腔白塞氏病有关。有研究发现，口腔内存在链球菌感染的患者，患白塞氏病的几率相对较高，细菌感染可能通过刺激机体的免疫细胞，引发免疫调节失衡，从而促使白塞氏病的发生。
免疫异常相关
免疫系统紊乱： 患者体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能出现异常。T淋巴细胞会分泌异常的细胞因子，影响免疫平衡，B淋巴细胞会产生过多的自身抗体，这些自身抗体攻击口腔等部位的血管和组织，导致炎症损伤，出现口腔溃疡等症状。炎症反应持续： 由于免疫异常，机体处于持续的炎症状态，炎症因子不断释放，会进一步加重口腔等部位的病变，使得口腔溃疡反复发作、不易愈合，同时还可能累及眼部、生殖器等部位，引发相应的病变症状。