男性阴茎发育不良通常指阴茎先天性畸形，涵盖阴茎短小、阴茎畸形、尿道下裂、包皮过长、包茎、隐匿性阴茎等，这一般属于器质性疾病，部分患者还伴有第二性征发育不良。
一、首先要完善相关检查以明确病因，在此准确诊断基础上确定治疗方案。
1.若为低促性腺性功能低下的男性，可按医嘱使用β-绒毛膜促性腺激素，其能促进睾丸发育以及雄激素产生，进而推动性器官和副性征发育、成熟等。
二、其次，针对影响功能的阴茎、尿道发育畸形，可依据不同情形实施生殖器整形手术，以最大程度恢复功能。
三、最后，对于阴茎短小且药物治疗无效的成年男性，可考虑进行阴茎延长术、阴茎再造术或阴茎假体置入术。针对一小部分患者，结合患者意愿，可施行性别转换术，切除睾丸，制作人工阴道，采用雌激素替代治疗，以促进女性第二性征发育。
总之，对于男性阴茎发育不良的情况，要根据具体表现和病因采取相应的治疗措施，以改善患者的状况。