怀孕45天孕囊在卵巢，是一种异位妊娠，属于妇产科急腹症之一，可能会导致大出血、休克等危险情况，需要及时治疗。以下是几种常见的治疗方法：
1.期待治疗：如果孕囊较小、无明显内出血、血β-HCG＜2000IU/L，且患者生命体征平稳，可住院观察，定期复查血β-HCG、B超，期待孕囊自然退化吸收。
2.药物治疗：主要是使用甲氨蝶呤等药物杀死胚胎，使孕囊萎缩吸收。这种方法适用于孕囊较小、无明显内出血、血β-HCG＜2000IU/L的患者。
3.手术治疗：包括腹腔镜手术和开腹手术。腹腔镜手术是在腹部打几个小孔，插入器械进行操作，具有创伤小、恢复快的优点。开腹手术则是在腹部做一个较大的切口，进行手术操作，创伤较大，恢复较慢。手术治疗适用于孕囊较大、有明显内出血、血β-HCG＞2000IU/L、药物治疗无效或有禁忌证的患者。
需要注意的是，孕囊在卵巢的治疗方法需要根据患者的具体情况进行选择，医生会根据孕囊的大小、位置、血β-HCG水平、患者的年龄、生育要求等因素制定个体化的治疗方案。患者应在医生的指导下进行治疗，并定期复查，以确保治疗效果和身体健康。