口腔粘膜病的治疗方法需根据具体类型而定。例如复发性阿弗他溃疡，一般7~10天可自愈，但也可局部使用重组人表皮生长因子凝胶等促进愈合，大概每天使用1~2次涂抹在溃疡处。
局部治疗常用方法
涂抹类药物：如果是疱疹性口炎，可局部涂抹阿昔洛韦软膏，能抑制病毒DNA合成，起到抗病毒作用，每天涂抹3~5次。含漱类药物：对于口腔念珠菌病，可用2%~4%碳酸氢钠溶液含漱，每天含漱3~4次，能改变口腔酸碱度，抑制念珠菌生长。
全身用药情况
病毒感染相关：若口腔粘膜病是由病毒引起，如手足口病导致的口腔粘膜损害，病情严重时可能需要使用抗病毒药物，像利巴韦林，它能抑制病毒核酸合成，但儿童使用需谨慎，2岁以下儿童一般不建议使用。免疫相关：对于免疫性口腔粘膜病，如扁平苔藓，可能会用到调节免疫的药物，不过具体用药要根据患者免疫状态由医生评估后决定，不能自行随意使用。
不同类型口腔粘膜病的特点及对应注意事项
创伤性口腔粘膜病：比如因咬伤等导致的粘膜损伤，首先要避免再次创伤，保持口腔清洁，一般小的创伤性溃疡能自行愈合。如果创伤较大，可使用促进愈合的药物。过敏性口腔粘膜病：若是接触过敏原引起的口腔粘膜过敏，要首先明确过敏原并避免接触，然后可使用抗过敏药物，如氯雷他定，但有嗜睡副作用的药物，服用后不宜驾驶等。