血清骨钙素低可能由多种原因引起。一般来说，成骨细胞功能异常、营养缺乏等都可能导致血清骨钙素低。比如，维生素K缺乏可能影响骨钙素的羧化过程，从而使血清骨钙素水平降低。
营养因素相关
钙摄入不足：如果日常饮食中钙的摄入量长期低于身体所需，就可能影响骨钙素的正常代谢。正常成年人每天建议摄入800毫克钙，青少年、孕妇等特殊人群需求更高。像一些素食者如果不注意补充富含钙的食物，就容易出现钙摄入不足的情况。维生素D缺乏：维生素D能促进肠道对钙的吸收，缺乏维生素D会间接影响骨钙素相关的骨代谢。人体可以通过晒太阳合成维生素D，但是在冬季日照不足或者一些长期室内工作者，就容易缺乏维生素D，据统计，我国部分地区人群维生素D缺乏率较高。
疾病因素相关
甲状腺功能亢进：患有甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会加快骨转换，影响骨钙素的水平。甲状腺功能亢进患者体内高代谢状态会干扰骨代谢的正常进程，导致血清骨钙素降低。肝脏疾病：肝脏是参与骨钙素合成代谢的重要器官，患有严重肝脏疾病时，比如肝硬化，会影响骨钙素的合成与代谢。肝脏功能受损会干扰相关蛋白质的合成过程，进而影响血清骨钙素水平。
药物因素相关
某些抗癫痫药物：长期服用某些抗癫痫药物，如苯妥英钠等，可能会影响骨代谢，导致血清骨钙素降低。这类药物会干扰维生素D的代谢或者骨细胞的功能，从而对骨钙素水平产生影响。糖皮质激素：长期大剂量使用糖皮质激素，会抑制成骨细胞活性，影响骨钙素的合成，进而使血清骨钙素降低。临床上长期使用糖皮质激素治疗某些自身免疫性疾病等情况较为常见，需密切关注骨钙素水平变化。