感冒了肩膀疼得厉害可能有以下原因：
一、机体释放炎症介质：感冒后出现机体发热，在体温升高阶段会释放如白介素、白三烯等一些炎症介质，这些炎症介质会引发肩膀、关节等部位疼痛。
二、体内乳酸积聚：机体发烧后，体内的乳酸、组织胺等物质会增多，这会导致肩部关节等部位疼痛。而且在机体发热时，乳酸会在骨骼肌内蓄积，比如在肱二头肌等部位蓄积，从而引起肩膀部位出现酸疼感。
三、病原微生物：病毒、细菌或其他病原微生物产生致热源，当引起免疫复合物反应时，也会造成发烧后肩膀酸痛。
所以，感冒时肩部疼得厉害要注意多休息，如果疼痛非常剧烈，可以选择口服一些止疼药物来缓解，比如对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊等。
总结提示：感冒后肩膀疼得厉害主要与机体发热引发的一系列反应以及病原微生物等有关，可通过休息和服用止疼药来应对。