肥厚型梗阻性心肌病主要是由遗传因素导致的。约60%的患者有家族史，呈常染色体显性遗传。
遗传因素方面
基因变异主导：编码心肌肌小节蛋白的基因发生变异是主要原因，比如肌球蛋白重链基因（MYH7）、肌钙蛋白T基因（TNNI3）等多个基因的突变都与肥厚型梗阻性心肌病相关。据统计，超过一半的患者能找到明确的基因变异位点。家族聚集性：在有家族史的人群中，患病风险比普通人群高很多。如果家族中有一人患病，其直系亲属患病概率大约在50%左右，这是因为基因会在家族中遗传传递。
其他相关因素
内分泌紊乱影响：甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会影响心肌的代谢和结构，可能增加患肥厚型梗阻性心肌病的风险。甲状腺激素能加速机体代谢，使得心肌细胞需要承受更大的工作负荷，长期下来可能导致心肌肥厚，进而引发梗阻性改变。儿茶酚胺的作用：儿茶酚胺类物质，如肾上腺素等，会使心肌收缩力增强。在一些情况下，过度的儿茶酚胺刺激可能导致心肌异常肥厚，尤其是对于那些有遗传易感性的个体，更容易诱发肥厚型梗阻性心肌病的梗阻状态。比如在剧烈运动、情绪激动等情况下，体内儿茶酚胺分泌增加，可能会加重病情。
病理生理机制
心肌异常肥厚：由于遗传等因素导致心肌细胞异常增生和肥大，使得心室壁增厚。尤其是室间隔部位的心肌肥厚更为明显，这就容易造成左心室流出道梗阻。当心室收缩时，增厚的室间隔向左心室腔突出，使得左心室流出道狭窄，影响血液的正常排出。血流动力学改变：左心室流出道梗阻后，左心室射血阻力增大，左心室需要更大的压力来泵血，长期如此会导致左心室肥厚进一步加重，形成恶性循环。同时，这种梗阻会影响心脏的整体功能，导致心输出量减少，患者可能出现胸闷、气短、头晕等一系列临床表现。