幽门螺杆菌的根除通常需要联合用药，其中质子泵抑制剂、铋剂和抗生素是常用的药物类型。目前，临床上常用的抗生素有阿莫西林、克拉霉素等。一般来说，幽门螺杆菌感染的治疗方案多采用含有上述药物的四联疗法，疗程通常为10-14天。
常用的抗生素类药物
阿莫西林： 属于青霉素类抗生素，对幽门螺杆菌有较好的抗菌活性。它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，过敏体质者使用前需做青霉素皮试。克拉霉素： 属于大环内酯类抗生素，能抑制幽门螺杆菌的蛋白质合成，从而起到杀菌效果。但部分人服用后可能出现胃肠道不适等不良反应。甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对幽门螺杆菌有一定的杀灭作用，可通过干扰细菌的DNA合成来发挥杀菌功效，使用时需注意可能引起的胃肠道反应以及与其他药物的相互作用。
质子泵抑制剂类药物
奥美拉唑： 是常见的质子泵抑制剂，能特异性地抑制胃壁细胞分泌胃酸的最后步骤，从而降低胃内酸度，为抗生素杀灭幽门螺杆菌创造有利环境。一般建议饭前服用。兰索拉唑： 作用机制与奥美拉唑类似，同样通过抑制胃酸分泌来提高胃内pH值，增强抗生素对幽门螺杆菌的杀伤作用，服用时间也多为饭前。泮托拉唑： 也是质子泵抑制剂的一种，能有效抑制胃酸分泌，使胃内处于相对碱性的环境，帮助抗生素更好地发挥作用，用法一般也是饭前口服。
铋剂类药物
枸橼酸铋钾： 可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，覆盖在溃疡面上，保护胃黏膜免受胃酸和幽门螺杆菌的侵袭，同时还能促进胃黏膜的修复。服用后可能会出现舌苔和大便发黑的情况，这是正常现象。胶体果胶铋： 同样属于铋剂，能在胃内形成胶体保护屏障，吸附幽门螺杆菌，促进药物在胃黏膜上的粘附，从而发挥抗幽门螺杆菌及保护胃黏膜的作用，服用时要注意按照规定剂量和疗程使用。